Der Ta Prohm Tempel wurde, genauso wie das Bayon, unter der Regentschaft von König Jayavarman VII erbaut. Als die Anlage Anfang des 13. Jahrhunderts fertiggestellt wurde, sollten mehr als zehntausend Mönche dort gelebt haben. Genauso wie die anderen Ruinen von Angkor war auch der Tempel umgeben von einer Siedlung aus Holzhäusern, die in dem tropischen Klima längst verrottet sind. Selbst die mächtigsten Fürsten des Khmer-Reichs lebten in Häusern aus Holz, da Steinbauten allein den Göttern vorbehalten war.
Als unter der französischen Kolonialherrschaft die ersten Ausgrabungen in Angkor begannen, stellte man sich die Frage, inwiefern man die Tempel restaurieren sollte oder ob es besser wäre sie im damaligen Zustand des Verfalls zu konservieren. Soll man die Ruinen renovieren, sodass sie erneut im alten Glanz strahlen oder nur sicherstellen, dass sie nicht weiter zerfallen? Während man sich bei dem prestigeträchtigen Angkor Watt für eine möglichst umfangreiche Restauration entschieden hat, beließ man den Ta Prohm Tempel weitestgehend unberührt. Läuft man durch die populäreren Tempel von Angkor hört man auch heute noch überall hämmern und sägen. Die Restaurationsarbeiten sind also noch immer in vollem Gang. In Ta Prohm dagegen herrscht Stille.
Viele der Gebäude sind von Würgefeigen umschlungen, wenn sie nicht bereits von den noch größeren „Tetrameles nudiflora“ überwuchert wurden. Wegen dieser großartigen Szenerie wurden hier um die Jahrtausendwende auch der erste Tomb Raider mit Angelina Jolie gedreht.